Los primeros datos bibliográficos sobre la existencia de esta finca a orillas del Duero pertenecen a su primer poblador, el fraile franciscano Pedro de Villacreces, de quien toma su nombre. Junto a él, un grupo de clérigos, entre los que se encontraba San Pedro Regalado, patrón de Valladolid, se estableció en aquel privilegiado páramo para dedicarse a la oración y al cultivo de la tierra, en la que se contaba, ya, con un pequeño viñedo para su propio consumo y el de los monasterios cercanos.
Durante varios siglos, Villacreces fue centro de retiro para eremitas franciscanos dedicados a la reflexión y la penitencia, así como al trabajo del campo y la observación de la naturaleza. Con la llegada de la desamortización de Mendizábal, en 1836, estas tierras pasaron a manos privadas, en concreto, al marquesado de Teodosio Alonso-Pesquera, senador del reino con Alfonso XIII, quien poco después otorgaría una concesión real por la que Finca Villacreces dispone derechos sobre el agua del Duero.
El II Marqués de Alonso Pesquera fue quien vendió esta finca a principios del siglo XX a la vallisoletana familia Cuadrado, quien utilizó la finca agrícola como zona de recreo, alojando, a su vez, a ilustres invitados. Uno de ellos, Peter Sisseck utilizó la bodega y parte del viñedo para elaborar su Flor de Pingus.
En 2004, tras una larga búsqueda por toda la Ribera del Duero, Gonzalo y Lalo Antón, quienes ya contaban con bodega en Rioja (Izadi) y en Toro (Vetus), conocieron a la familia Cuadrado. Pedro Cuadrado les dejó entrever su interés por ir desvinculándose del negocio vinícola y buscar un relevo para la finca, oportunidad que aprovecharon para adquirir una de las fincas más espectaculares de la Ribera del Duero. Tras la remodelación de la bodega y un concienzudo trabajo de recuperación del viñedo, Villacreces se volvió a inaugurar en 2007.