Existen dos sistemas diferentes. El más extendido actualmente consiste en retirar los raspones en la despalilladora, antes de la fermentación, y se ha obtenido con él vinos apropiados para un largo período de envejecimiento. Por el contrario, si la uva entera pasa a los depósitos de fermentación, el sistema seguido, tradiconal en Rioja, es el conocido como "maceración carbónica". En este caso, los vinos obtenidos serán suaves, con bastante cuerpo, color intenso y adecuados para el consumo en su primer año.
En ambos casos, durante la fermentación se remonta el mosto, de la parte inferior a la superior, a la vez que la temperatura permanece constante. Todo ello con el objetivo de que el proceso se realice de forma homogénea y no se pierda ninguno de los aromas que contiene el mosto.
Al finalizar la fermentación se lleva a cabo el descube: una vez separadas las materias sólidas, el vino pasa a los depósitos de almacenamiento, donde es sometido a un control de calidad.
El Consejo Regulador, mediante exámenes organolépticos y analíticos, determina si el vino merece la Denominación de Origen Calificada "Rioja". Las pruebas organolépticas se realizan en las instalaciones del Consejo Regulador y en la Estación de Viticultura y Enología de Haro (La Rioja); mientras que las analíticas se llevan a cabo en la Casa del Vino en Laguardia (álava), y en las Estaciones Enológicas de Olite (Navarra) y Haro.
La crianza de los vinos de Rioja se realiza en barricas de roble de 225 litros, con trasiegas periódicas, complementándose después en botella. Existen en Rioja 368 bodegas de crianza, que suman un total de más de 1.266.154 barricas. El período mínimo de envejecimiento en barrica oscila de 1 a 3 años para las categorías de crianza, reserva y gran reserva, y el de envejecimiento en botella entre 6 meses y 6 años.