Fundada en 1995, la bodega El Lagar de Isilla empezó ubicada en la bodega histórica del siglo XV situada debajo del restaurante El Lagar de Isilla en Aranda de Duero. La familia Zapatero Pinto, a 12 metro de profundidad, eloboró las primeras 50.000 botellas, que ha dia de hoy ya son 250.000. Por este crecimiento, surge el complejo enológico situado en La Vid, primero llegó la bodega y la tienda. Posteriormente el hotel, todo construido sobre una finca colonial de 1890.
Bodega familiar con producciones limitadas de sus vinos procedentes de viñedos situados en la provincia de Burgos en diferentes localizaciones, por ese motivo elaboran diferentes vinos tintos y vinos parcelarios, para poder expresar la propia personalidad de la bodega y de sus viñas.